Filmen bygger på en ungdomsroman av den britiske forfatteren Joan G. Robinson fra 1967.

Tolvårige Anna lider av astma. Annas mor sender henne til sin tante og onkel i en landsby hvor hun kan puste frisk luft og slappe av. Anna mistrives i sine nye omgivelser inntil hun møter Marnie, en jente på Annas alder, som bare kan sees i nærheten av et forlatt herskapshus – og Anna må love å ikke fortelle noen om henne.

Er Marnie et spøkelse? Et foster av Annas fantasi? Eller noe helt annet? Det er noe overjordisk over Marnie – Anna har sett en jente som henne i drømme før, og er først i tvil om hun er en ekte person i det hele tatt. Men samhørigheten mellom dem er så sterk at Anna er uvillig til å gi etter for usikkerheten om Marnie faktisk eksisterer. Anna trenger Marnie.

Det er ikke umiddelbart klart hvor filmen går. Det som i utgangspunktet føles som en historie om angst blir sakte noe mer magisk før det tar en litt mer skummel vending.

Ghibli har en tradisjon med å lage animasjonsfilmer om jenter og fantasier. Marnie er intet unntak. Annas situasjon og holdning minner meg mye om
Momo fra 2012; en ung jente føler seg deprimert og forvirret av endringene i hennes liv etter at hun har måttet flytte til et nytt miljø.

Ettersom dette er Ghiblis siste film, er det sikkert ingen tilfeldighet at Anna er en ivrig kunstner: Hun bærer med seg tegneblokken overalt. Studio Ghiblis enestående artisteri og oppmerksomhet på detaljer er i full effekt her. Animatørenes suverene evner til å fange nyanser og følelser i enkle menneskelige handlinger viser seg nok en gang. Enten det er Annas litt kvikke tempo for å unngå å måtte snakke med en fremmed, eller måten øynene senkes og skuldre krympes.

Marnie er den andre filmen Yonebayashi har regissert for Studio Ghibli.
The Secret World of Arrietty og
Marnie har leken med det overnaturlige til felles. Begge filmene er sterke eksempler på en lys magisk realisme.